En el inicio de la república, los recursos naturales susceptibles de generar riqueza y aprovechamiento comercial y económico justificaron la creación de instituciones para su respectivo estudio y conocimiento. Es por ello que en 1823 el Congreso de la República creó el Museo Nacional y una Escuela de Minería, entidades que desde su origen fueron incorporadas al Estado. La coyuntura de la Independencia forjó sus colecciones: integró objetos de historia y arte a los ejemplares de historia natural y antropología. A pesar de las reconfiguraciones políticas y territoriales del país, durante el siglo XIX el Museo participó en la formación ciudadana y desarrollo económico e industrial como instrumento de civilización y progreso. Es a partir del siglo XX y hasta el presente que el Museo incorpora gradualmente las nociones de cultura y patrimonio por medio de procesos educativos y participativos con la ciudadanía, en trabajos continuos de renovación periódica de sus formas de exhibición, basados en una reflexión actualizada sobre los relatos históricos del país.